NéO#12: Des zoonoses, des vaches et des vaccins.

le 08/01/2021

Zoonose. Ce qui se cache derrière ce mot n’est pas un film de série Z ni le nom d’une nouvelle marque de produit de beauté pour le nez, mais le nom générique des maladies transmises à notre espèce par les animaux. Il y en a pléthore, impossible de les citer toutes ici, de la rage aux parasitoses, comme le ténia ou la toxoplasmose, en passant par la salmonellose et la grippe aviaire.  Les plus récentes vagues zoonotiques nous ont apporté de nouveaux types de coronavirus, SARS-CoV-1, MERS-CoV et SARS-CoV-2, transmis par les chauves-souris directement ou via des hôtes intermédiaires comme les camélidés (chameaux et dromadaires). Ces animaux ont des systèmes immunitaires uniques et extraordinaires qui leur permettent d’abriter des pathogènes qu’ils arrivent à contrôler mais qu’ils nous refilent en Chine, sur les étals de marchés pourtant interdits, ou, dans les caravanes, le long des dunes de la péninsule arabique. A une autre époque, il y a fort longtemps, ce type de zoonoses au potentiel épidémique restait localisée, les gens en guérissaient ou en mourraient avant de pouvoir les transmettre à d’autres communautés. L’augmentation et la densification des populations, les échanges intercontinentaux et leur rapidité, ont favorisé la transformation de ces phénomènes locaux en pandémies en permettant la diffusion quasiment instantanée à l’échelle planétaire de nouvelles maladies contagieuses. Les grandes épidémies ne sont cependant pas nouvelles, elles se sont propagées le long des voies commerciales naissantes entre l’Asie et l’Europe, la peste étant la plus célèbre des faucheuses, propagée par les rats et leurs puces.

L’invention de l’élevage pendant la révolution néolithique a provoqué une promiscuité importante et quotidienne avec les animaux nouvellement domestiqués et donc avec les bactéries, les virus et les parasites qu’ils hébergeaient. Cette cohabitation nouvelle a longtemps été suspectée d’être à l’origine de nouvelles maladies contagieuses auxquelles l’humanité a eu à faire face.  Il semble cependant que nous nous y soyons rapidement adaptés comme le suggère le fait que la première partie du Néolithique est aussi une période d’expansion démographique importante qui a vu apparaître des villages puis des villes, comme Çatal Höyük, ayant compté plusieurs milliers d’habitants tout en prospérant sur plusieurs millénaires (chroniques#4, 6, 7).

La zoonose planétaire actuelle n’est pas due au bétail mais à un virus pathogène porté par un animal sauvage, vraisemblablement les chauves-souris, comme pour la fièvre hémorragique à virus Ebola, qui elle n’a heureusement jamais franchi le cap d’épidémie plus ou moins contrôlée même si elle a ravagé certains pays d’Afrique de l’Ouest. Les contacts avec la faune sauvage, en particulier avec celle qui allait être domestiquée, ont été nombreux avant même le Néolithique puisque ces mêmes animaux étaient abondamment chassés par les chasseurs-cueilleurs du Paléolithique qui étaient donc déjà certainement très exposés à leurs pathogènes. Entre la mise à mort des animaux, le transport des carcasses, leur découpe, l’utilisation des os et le traitement des peaux, les occasions de se contaminer avec des virus et des bactéries tapis dans chacun des organes étaient sans doute tout aussi importantes que lors des premières domestications. L’exemple le plus dramatique des conséquences du contact avec les animaux chassés est le SIDA. En effet, l’ancêtre du virus de l’immunodéficience humaine (VIH) est passé d’un chimpanzé à l’homme vers 1920, sans doute après une séance de chasse dans les forêts du sud du Cameroun, avant de devenir cette dramatique pandémie dans les années 1980. En plus de la chasse, il ne faut pas oublier que les chasseurs-cueilleurs du Paléolithique occupaient souvent des grottes dont il avait fallu faire fuir les anciens occupants, ours ou hyènes des cavernes, et dans lesquelles devaient aussi pulluler nos amies les chauves-souris. Ils avaient aussi transformé les loups en toutou, plus de 5 000 ans avant les premiers aurochs, et nos amis à quatre pattes sont (toujours) eux aussi porteurs de virus, bactéries et autres parasites pathogènes pour l’homme. Bref, notre exposition aux agents zoonotiques n’a pas attendu la domestication du bétail et le Néolithique, mais s’est produite depuis que nous sommes passé à un régime carnivore dépendant du charognage puis de la chasse avec l’apparition des ancêtres d’Homo erectus il y a plus de 2 millions d’années.

Il est donc très probable que les humains avaient déjà été largement exposés à différents agents zoonotiques avant d’avoir domestiqué leurs porteurs (cochon, chèvre, mouton, vache) ce qui a dû permettre notre adaptation par l’élimination des sujets les plus sensibles à ces infections. Le Néolithique semble néanmoins avoir été une période charnière au cours de laquelle nous avons tissé des liens particuliers à long terme avec les espèces animales domestiquées à travers nos échanges de microbes. Trois maladies sont emblématiques de nos relations anciennes avec la vache et révèlent des interactions beaucoup plus complexes qu’initialement supposées.

L’histoire de la rougeole est la plus simple, du moins pour ce qui concerne son origine. Cette maladie virale peut provoquer des formes graves chez l’enfant mais surtout chez les jeunes et moins jeunes adultes que les parents n’auraient pas vaccinés de peur qu’ils « n’attrapent » l’autisme, une croyance devenue elle aussi virale suite aux travaux bidons d’Andrew Wakefield et à leur médiatisation planétaire par la communauté antivax à la fin des années 1990. Cette pandémie parmi les complotistes de tout poil a permis à la rougeole de regagner du terrain un peu partout dans le monde, dans des pays où elle avait pourtant quasiment disparu grâce à la vaccination. C’est le cas en France où de jeunes adultes finissent régulièrement en réanimation et où de jeunes parents, touristes insouciants et inconscients, ont réintroduit la maladie dans des pays où elle avait été éradiquée via leurs rejetons non vaccinés porteurs du virus. Bref, pour en revenir à nos vaches, les études génétiques montrent que le virus de la rougeole humaine serait un descendant direct du virus de la peste bovine. Il aurait émergé lors du premier millénaire avant JC, bien après le Néolithique. Comme beaucoup de maladies contagieuses, les formes épidémiques ne peuvent se déclarer que si la population atteint un certain réservoir de personnes contaminables (> 250 000). C’est en Mésopotamie, où furent domestiquées les aurochs (chronique#7) et où ont émergé les premières cités-États, que furent réunies toutes les conditions (densité du cheptel et des populations). Le virus y serait alors passé de la vache à l’homme au cours du premier millénaire avant notre ère, et y aurait évolué avant d’acquérir ses capacités épidémiques.

La variole, ou « petite vérole », a fait des ravages attestés depuis des millénaires. La syphilis, ou « grande vérole », dont l’agent pathogène n’a rien a voir avec celui de la variole, a elle sévit en Europe plus tardivement, sans doute par l’émergence d’un variant plus virulent. On estime que la variole a tué 300 millions de personnes au 20ème siècle, avec ses derniers soubresauts en France en 1954 à Vannes,  un des derniers cadeaux des colonies, avant d’être déclarée officiellement éradiquée par l’OMS en 1980 grâce à la vaccination. La variole humaine est due au virus de la variole (VARV, smallpox virus) membre d’une famille de virus (orthopoxvirus) qui infecte de nombreuses espèces de mammifères sauvages; des petits rongeurs en seraient le réservoir. Le virus humain pathogène nous aurait été transmis non pas par la vache mais par les camélidés qui ont été domestiqués dans la péninsule arabique 2 à 3 000 ans avant JC. Le virus de la variole du chameau (camelpox) est en effet très proche du virus humain, il cause des dégâts important dans les élevages et a été responsable de zoonoses récentes en Inde; son utilisation comme arme biologique est d’ailleurs une menace prise réellement au sérieux.

La variole est une maladie emblématique dans notre histoire car elle a été la première contre laquelle l’humanité a réussi à mettre en place une approche vaccinale. Cette idée est semble-t-il venue de l’observation que les personnes qui survivaient à cette maladie en gardaient les stigmates mais en étaient protégées. La « variolisation » a été mise au point en Chine et consistait en l’inoculation par scarification de pus prélevé sur les pustules de malades un peu moins atteints que les autres (description en 1693 par le Dr Zhang Lu). Cette technique s’est propagée le long des routes de la soie et est arrivée en Europe via l’Angleterre, au XVIIIème siècle, par Lady Mary Wortley Montagu, femme de l’ambassadeur de Grande-Bretagne en Turquie. En 1778, Louis XVI décida de se faire varioliser, ainsi que ses frères, avec le risque de perdre tous les possibles héritiers du trône de France. Malgré ces exemples parmi les élites, la variolisation ne fit pas recette, accusée par certains de contrecarrer la volonté divine, ces critiques des fous de dieux ont d’ailleurs persisté sous d’autres formes jusqu’à nos jours. Malgré une certaine efficacité, c’était quand même une approche risquée car la variolisation était réalisée à partir d’échantillons humains non atténués (2% de mortalité).

Et les vaches dans tout ça ? Elles présentent une maladie proche de la variole causée par un virus de la même famille, sans doute hérité du cheval, qui cause des lésions cutanées similaires à la forme humaine notamment sur les pis. Cette maladie était appelée variola vaccina, plus communément la « variole de la vache » ou vaccine, provenant du mot latin vacca (vache). Il avait été remarqué que les personnes de corvée de traite pouvaient présenter des lésions cutanées mais qu’elles ne développaient pas la variole classique. L’histoire européenne, oubliant la contribution des médecins chinois, retiendra qu’ Edward Jenner « inventa » la vaccination en 1796 en utilisant les pustules d’une fermière atteinte de la vaccine pour varioliser un enfant, qui, efficacement « vacciné », ne développa pas de symptômes après une inoculation avec la véritable variole. Même si ce protocole ne passerait plus la barrière des comités d’éthique actuels, ce fut le début officiel de la vaccination.

Enfin, la tuberculose est une autre maladie qui sévit sur l’ensemble de la planète depuis des millénaires. On a longtemps pensé qu’elle nous avait été transmise par nos paisibles ruminantes, on en a d’ailleurs retrouvé les stigmates sur des squelettes d’animaux et d’apprentis paysans du Néolithique. Les études paléogénétiques indiquent que ces lésions sont certainement dues à mycobacterium tuberculosis qui fut découvert par Koch en 1882, donnant son nom à ce bacille.  L’ensemble des études moléculaires récentes a démontré l’origine très ancienne de cette mycobactérie pathogène qui remonterait à l’expansion de l’homme moderne. De façon inattendue, ces études indiquent que c’est nous qui avons transmis la tuberculose à la vache (mycobacterium bovis) et non l’inverse. Cette maladie a aussi fait des ravages parmi le bétail et en fait toujours dans certaines parties du monde, avec une maladie similaire à la forme humaine.  Les premiers essais de vaccination contre la tuberculose ont consisté à faire ingérer le pathogène humain plus ou moins atténué, sans succès en terme d’efficacité, et provoquant au passage la mort de quelques-uns des cobayes désignés volontaires.  L’idée fut donc, comme pour la variole, d’utiliser l’agent infectieux bovin qui peut provoquer une forme modérée de tuberculose chez l’homme. C’est en atténuant mycobacterium bovis à l’aide de bile de bovidé que Calmette et Guérin ont mis au point leur fameux BCG (vaccin bilié de Calmette-Guérin) qui apporta une protection efficace contre la tuberculose, qui faisait des ravages dans les quartiers ouvriers surpeuplés et insalubres et qui continue à en faire parmi les populations les plus défavorisées et malnutries. La vaccination obligatoire par le BCG a été abandonnée en France en 2007 mais elle est revenue sur le devant de la scène récemment, plusieurs études ayant en effet montré son efficacité à long terme pour booster le système immunitaire et certaines autres ayant suggéré son impact positif sur la COVID.

Ces trois exemples et bien d’autres encore (Salmonellose, Brucellose, etc..), nous montrent les relations complexes et profondes qui nous lient aux animaux que nous avons domestiqués. Cette proximité a certainement forgé le système immunitaire des paysans du Néolithique en sélectionnant les individus ne succombant pas à ces maladies et donc porteurs des variations génétiques nous rendant capables de contrôler bon an, mal an ces infections. On peut aussi imaginer qu’elle a permis une immunisation contre ces maladies portées par le bétail. Cette coévolution nous a également apporté, à nous, Européens, descendant des paysans d’Anatolie, un avantage déterminant pour la conquête du reste du monde. Un peu comme les chauves-souris, les pathogènes que nous abritons, nous et notre cohorte d’animaux domestiques, peuvent être des armes redoutables. On estime que l’arrivée des conquistadors a causé la mort de millions d’Amérindiens (80 à 90% de la population), décimés par la variole principalement mais aussi par la rougeole, la fièvre typhoïde (salmonelles) et bien d’autres maladies permettant ainsi à quelques centaines d’hommes armés de conquérir les Amériques. Les Amérindiens n’avaient pas domestiqué les mêmes animaux (très peu en fait); ni le porc, ni l’aurochs, ni les ongulés n’étaient présents sur ce continent, ce qui explique sans doute leur grande vulnérabilité à ces maladies nouvelles. Cette tragédie s’est répétée avec l’arrivée des Anglais et des Français en Amérique du Nord et tout au long des autres « grandes découvertes » (iles du pacifique, Tasmanie, Australie, etc…) décimant les populations indigènes et réduisant à néant leurs cultures par évangélisation forcée des survivants. Le plus récent exemple de ces catastrophes qu’on aurait pu penser d’une époque révolue a été celui de ce jeune Américain qui voulait évangéliser les Sentinelles des iles Andamans, le peuple le plus isolé du monde. Ces descendants directs des hommes modernes sortis d’Afrique il y a 60 000 ans ne sont plus qu’un peu plus d’une centaine sur leur ile au large de la Birmanie, coupés du monde depuis des décennies, l’Inde dont elle dépend en ayant interdit l’accès pour les protéger. Ils refusent d’ailleurs tout contact avec l’extérieur et ont tué à coups de flèches empoisonnées cet intrus qui brandissait sa Bible, échappant peut être ainsi à la rougeole qui a décimée bon nombre des Sentinelles des autres îles de cet archipel, ces derniers témoins vivants de notre préhistoire.