Le 25/06/2026
Et toujours pas de trace d’hybridation récente avec Homo sapiens dans le génome des derniers néandertaliens d’Europe… Un nouvel article utilisant des approches de paléogénétique sur des néandertaliens tardifs d’Europe du nord-ouest vient d’être publié dans nature. Les titres de la presse scientifique qui le mentionne parlent d’un des résultats principaux de cette étude qui est que ces représentants des dernières populations néandertaliennes ne présentaient pas une forte consanguinité, un des arguments qui avait été avancé pour expliquer leur vulnérabilité et leur disparition au moment de l’arrivée de groupes d’Homo sapiens sur leur territoire. La conclusion de cette étude est qu’ils vivaient sans doute en petits groupes dispersés mais connectés leur permettant un brassage génétique suffisant.
Ce qui m’a particulièrement intéressé dans cet article c’est que les auteurs consacrent un chapitre entier à un point qui m’avait intrigué il y a quelques années à la lecture d’articles plus anciens et que j’avais abordé dans une chronique précédente (PALéO#2.12). Le titre de ce chapitre “No recent modern human ancestry” indique que les auteurs n’ont pas trouvé dans le génome de ces derniers Néandertals de trace d’un héritage génétique récent issu d’Homo sapiens aussi appelé Homme Anatomiquement Moderne (Moderne ci-après). Ces « introgressions » qui correspondent à la présence dans le patrimoine génétique d’un individu de fragments provenant d’une autre « espèce », sont le reflet d’hybridations plus ou moins anciennes. Le pourcentage de ces introgressions par rapport au génome total peut donner des indications sur les conditions dans lesquels se sont produites ces hybridations alors que la longueur des fragments d’ADN introgressés (issus de l’autre espèce) donne, elle, une idée d’à quand remontent ces hybridations car ces fragments raccourcissent de génération en génération.
Néandertal a occupé un vaste territoire allant du Portugal à la Sibérie pendant plus de 350 000 ans avant de disparaître il y a 40 000 ans (Figure 1), juste au moment où Moderne avait commencé à s’installer sur ce continent (Figure 2). Au cours de cette longue période d’existence, les contacts entre ces deux espèces ont été nombreux et les ~2 % de génome néandertalien toujours présents dans celui de tous les humains actuels – mis à part en Afrique sub-saharienne – est là pour en témoigner. Les publications récentes utilisant la paléogénétique et les études archéologiques plus anciennes indiquent que ces hybridations ont eu lieu à de nombreuses reprises et très probablement au Moyen-Orient, passage obligé en sortant d’Afrique (PALéO#2.12, BRèVE#06) que ces deux espèces humaines ont occupé sur des périodes chevauchantes.
Un point passionnant qui reste à établir est de savoir ce qui s’est passé lors de leurs dernières rencontres, celles qui ont certainement eu lieu quand les premiers groupes de Modernes se sont aventurés progressivement vers l’ouest du continent européen, il y a à peu près 50 000 ans, et qu’ils sont arrivés dans cette région qui fut le dernier refuge de Néandertal. Les auteurs de l’article en question ont obtenu des données génétiques pour une dizaine d’individus ayant occupé des sites du nord-ouest de l’Europe (Belgique et France, Figure 1) sur une période de 10 000 ans (-40/50 000 ans). Ils ont même obtenu le génome complet d’un Néandertal retrouvé dans la grotte de Goyet en Belgique. Les données montrent que ces néandertaliens, en tout cas le seul dont le génome a été séquencé complètement, ne présentent pas de trace d’hybridation récente avec Moderne. Cette absence d’introgression récente chez l’un des derniers Néandertal est surprenante car, en miroir, des introgressions néandertaliennes récentes ont bien été retrouvées chez les premiers Modernes européens, ou pour être précis, chez une partie d’entre eux (voir ci-dessous). Il semble donc, que même si des rencontres entre Moderne et Néandertal ont eu lieu à plusieurs reprises au cours de leur préhistoire commune, elles se sont produites dans des conditions différentes et elles ont eu des conséquences distinctes sur leurs patrimoines génétiques respectifs.
Moderne est sorti plusieurs fois d’Afrique. Les premiers auraient fait des incursions jusqu’en Grèce (-200 000 ans) et des séjours attestés plus ou moins longs au Moyen-Orient il y a au moins 100 000 ans. On ne sait pas grand-chose de ces premiers pionniers mis à part quelques sépultures et des parures retrouvées principalement au Levant, et les introgressions qu’ils ont laissées dans le génome de Néandertal (voir ci-après). Il est couramment admis que tout a changé d’échelle il y a 50 000 ans, quand une nouvelle population, empruntant le même itinéraire que les précédentes, a donné naissance à tous les humains actuels hors Afrique subsaharienne. Ces Modernes sortant de leur continent originel se sont hybridés avec les Néandertals qui peuplaient le Moyen-Orient et ce sont les individus issus de ces hybridations qui sont partis à la « conquête » de l’Europe et de l’Asie expliquant la présence d’introgressions néandertaliennes dans le génome de tous leurs descendants anciens et actuels. Une partie des descendants de cette population originelle est donc partie vers le nord-ouest et est à l’origine de la première population Moderne d’Europe. Les individus de cette population présentent deux types d’introgressions néandertaliennes. Des anciennes remontant aux hybridations Moyen-Orientales d’il y a 50 000 ans, ainsi que des plus récentes, témoignant d’événements ayant sans doute eu lieu au cours de la migration de leurs ancêtres directs en route vers l’ouest du continent (BRèVE#06, PALéO#2.12, PALéO#2.14).
Néandertal, lui, présente dans son génome des traces d’hybridations anciennes qui remontent à au moins 150 000 ans, au cours desquelles il a perdu son chromosome Y et son génome mitochondrial au profit de ceux de Moderne. Comme précisé ci-dessus, ces échanges ont vraisemblablement eu lieu au Moyen-Orient. Ces introgressions dans le génome de Néandertal ont été transmises au fil des générations, comme les introgressions néandertaliennes dans notre espèce, et elles sont bien présentes chez les derniers néandertaliens d’Europe de l’ouest. Par contre, de façon surprenante, il n’y a pas de trace chez ces Néandertals de l’évènement majeur d’hybridation avec Moderne qui s’est déroulé au Moyen-Orient il y a environ 50 000 ans (BRèVE#06, PALéO#2.12, PALéO#2.14), ni donc d’hybridations plus récentes.
La paléogénétique a donc mis à jour les nombreux « échanges » qui s’étaient produits entre Néandertal et Moderne, mais aussi ceux avec Denisova, le groupe frère Asiatique de Néandertal avec qui Néandertal et Moderne se sont hybridés à de multiples reprises (PALéO#2.5). Il est donc étonnant que, malgré les hybridations plus récentes attestées dans le génome des premiers Modernes d’Europe et les quelques milliers d’années de cohabitation sur un même territoire, les derniers Néandertals ne présentent pas de trace d’hybridation récentes avec Moderne. Comment l’expliquer ?
L’hypothèse la plus simple, bien sûr, est qu’il y ait eu partage d’un même territoire mais qu’il n’y ait pas eu d’hybridation. Parmi les premiers Modernes d’Europe, seuls les individus retrouvés en Roumanie et en Bulgarie présentent des introgressions récentes indiquant des hybridations remontant à une dizaine de générations. Ces hybridations ont donc concerné leurs ancêtres qui devaient vivre plus à l’est, plus près du foyer Moyen-Oriental. Par contre, les individus retrouvés plus au nord, en Tchéquie (Zlaty Kun) et en Allemagne (Ranis), ne présentent que des introgressions correspondant aux hybridations anciennes. Le site Allemand de Ranis où les Modernes étudiés ne présentent pas d’introgression néandertaliennes récentes n’est qu’à quelques centaines de kilomètres du site néandertalien situé en Belgique étudié dans la publication récente (Goyet). Pas si loin, mais peut être suffisamment pour limiter les rencontres. Il est important de réaliser que des centaines, voire quelques milliers d’années, séparent les individus qui ont été analysés qui n’offrent donc qu’un instantané à différentes périodes de la répartition de quelques représentants de ces deux groupes, même si elles sont proches d’un point de vue archéologique. Il est cependant clair que Néandertal et Moderne ont occupé des espaces proches voire même chevauchant à peu près aux mêmes périodes mais que cette proximité n’ait pas favorisé d’hybridation à large échelle.
L’absence d’hybridation peut paraître étonnante en regard des très nombreuses qui ont eu lieu auparavant. Elle pourrait être en accord avec l’hypothèse émise par Ludovic Slimak d’un fort isolement culturel des dernières populations néandertaliennes, des réticences qui ne semblent pas avoir été présentes dans les populations du Moyen-Orient sur plus de 150 000 ans. Même s’ils ont partagé les mêmes territoires, il reste donc à déterminer s’ils se sont physiquement rencontrés… La génétique permet d’apporter la preuve de ces rencontres mais, en l’absence d’hybridation, seule l’archéologie permettrait d’apporter des arguments en faveur de tels évènements, preuves qui restent très difficiles à obtenir et souvent mis en doute de par leur imprécision temporelle.
Les auteurs de l’article de nature essaient alors de formuler des hypothèses pour tenter d’expliquer pourquoi ils n’observent pas les conséquences d’un évènement qui se serait produit – des hybridations – alors qu’ils n’ont aucun argument en faveur de cet évènement – absence d’introgression récente – … Et si les premiers Modernes européens et les derniers Néandertals se sont bien physiquement rencontrés et si ces rencontres se sont concrétisées par une descendance commune, pourquoi n’observe-t-on pas de trace d’hybridation chez ces néandertaliens ?
Encore une fois, l’hypothèse la plus simple, basée sur le fait que seuls un tiers des premiers Modernes d’Europe présentent des introgressions néandertaliennes récentes (10 à 20 générations), est qu’on n’ait pas encore trouvé les restes d’un Néandertal issus d’une ces hybridations. Les auteurs de l’article de nature émettent plusieurs autres hypothèses dans ce sens. En accord avec leurs résultats sur la structuration de ces dernières populations néandertaliennes, ils suggèrent notamment que des hybridations auraient pu se produire au sein de groupes de si petite taille et si isolées que les introgressions issues de ces hybridations n’auraient pas pu être transmises à d’autres groupes… reste donc à trouver les restes d’un de ces individus et qu’ils soient suffisamment bien conservés pour en réaliser une étude paléogénétique. Je ne détaillerai pas les autres ici, je vous laisse les découvrir dans la discussion de l’article. La plus intrigante, je trouve, et je l’indiquais dans ma première chronique sur ce sujet (PALéO#2.12), est que les nouveaux nés issus de ces hybridations aient été pris en charge dans des groupes de Modernes. Là encore, cette hypothèse ne sera validée que par la découverte des restes d’un individu hybride dans un contexte archéologique clairement attribué à Moderne. La découverte d’une petite fille née d’une mère Néandertal et d’un père Denisova dans la grotte du même nom (PALéO#2.5) montre qu’une telle découverte reste possible…
En conclusion, cet article apporte des précisions sur les dernières populations de néandertaliens qui ont occupé l’ouest de l’Europe aux mêmes périodes que les premiers groupes de Modernes. Il montre que ces populations ne présentaient pas de signe de forte consanguinité, un argument qui avait été avancé pour expliquer la fragilité de ces populations et leur disparition. Il suggère également, avec d’autres études plus anciennes, que la progression des groupes de Modernes ne s’est pas accompagnée d’évènements d’hybridations massifs comme cela c’était produit plusieurs fois au Moyen-Orient. On reste donc une fois de plus sur sa fin, sur un mystère autour de ce qui s’est passé pendant ces 10 000 années qui ont vu basculer l’occupation de l’Europe au profit de Moderne, ces 10 000 années de période glaciaire, pas encore à son maximum, pendant laquelle ces deux espèces étaient occupées à chasser les mêmes animaux dans les mêmes paysages de steppe à Mammouths, paysages majoritairement dépourvues de forêts et d’arbres derrière lesquels se cacher, auraient-ils vraiment réussi à s’éviter?
Références:
Chroniques de la préhistoire 
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