PALéO#2.11: Homo naledi enterrait-il vraiment ses morts? Le système de publication scientifique confronté à la communication grand public

Le 08/08/2023

Il y a presque dix ans, Lee Berger et ses collaborateurs ont mis en évidence une nouvelle espèce d’hominine dans les profondeurs d’une grotte tentaculaire dite de « Rising Star » en Afrique du sud, un des berceaux supposé de l’humanité. Ils l’ont baptisée Homo naledi et donc incluse dans le genre Homo, ce qui avait déjà fait polémique dans le domaine en raison de certains de ses caractères morphologiques proches des australopithèques qu’on pensait éteints il y a plus de 2 millions d’années et dont faisait partie la célèbre Lucy (PALéO#2.1). Les naledi étaient de petite taille, bipèdes mais sans doute aussi arboricoles, avec un cerveau aussi peu volumineux que celui d’un chimpanzé ce qui avait contribué aux doutes émis quant à son rattachement au genre Homo. De plus, les ossements retrouvés ont été datés à à peu près 300 000 ans suggérant que cette espèce aurait pu croiser les tous premiers représentants de notre lignée.

Homo naledi est revenu en fanfare sur le devant de la scène au début du mois de juin de cette année, toujours par le biais du très médiatique Lee Berger. Il a en effet déclaré avoir mis en évidence, toujours dans la même grotte, une sépulture, indiquant qu’il aurait enterré ses morts, et des gravures. Cet hominine à très petit cerveau aurait donc fait preuve d’activités au combien symboliques (art et sépultures) près de 150 000 ans avant sapiens et Neandertal (NéO#17; PALéO#2.10). Ces déclarations avaient donc un côté sensationnel et ont fait le tour de la planète. Comme toute autre avancée scientifique remettant en cause ce qu’on croyait savoir sur un domaine, on pouvait s’attendre à ce qu’elle repose sur des données solides validées par la publication d’articles dans des revues scientifiques sérieuses voir même dans les plus prestigieuses, comme pour d’autres concernant la saga des origines du genre Homo (PALéO#2.1). En principe oui, mais dans les faits, pas cette fois ci…

La publication d’un article scientifique est un processus bien établi et codifié. Les auteurs écrivent leur manuscrit en suivant des consignes de rédaction propres à chaque journal et le soumettent officiellement pour publication (à un seul journal à la fois). La revue scientifique pilotée par un comité éditorial composé de scientifiques se charge alors d’évaluer le manuscrit – la forme et surtout le fond – par un processus appelé peer-review (révision par les pairs) mis en place il y a quelques siècles mais généralisé dans les années 70 du siècle dernier. Au cours de ce processus, l’article est envoyé à des experts du domaine (reviewers/pairs) qui sont sélectionnés par le journal. Ces reviewers restent généralement anonymes et doivent rendre un avis argumenté (questions, remarques, critiques) sur le travail en une quinzaine de jours. Dans la plupart des journaux, tous les articles soumis ne sont pas envoyés en peer-review et c’est le comité éditorial qui décide si l’article mérite ou pas (sujet, qualité) d’être « envoyé » aux reviewers. Les commentaires des reviewers sont synthétisés par le comité éditorial qui peut émettre un avis de refus de publication de l’article (rejet), les auteurs doivent alors le soumettre à un autre journal, ou autoriser la soumission d’une nouvelle version dite « révisée » du manuscrit, basée sur les critiques/remarques des reviewers qui sont censées aider à améliorer le manuscrit et/ou à en consolider certains résultats. La révision nécessite des réponses argumentées de la part des auteurs et des modifications de l’article initialement soumis pour répondre à ces critiques. En biologie par exemple, mon domaine, cela se traduit dans la quasi-totalité des cas par des expériences complémentaires qui doivent être réalisées pour pouvoir répondre aux remarques des reviewers. La version révisée est évaluée à son tour par les mêmes reviewers et le comité éditorial s’appuie sur leurs commentaires pour accepter (ou pas) de publier la nouvelle version de l’article. Ce processus à un cout. En plus du travail expérimental supplémentaire, du temps pris à réécrire les différentes versions et à soumettre son travail, ce sont les scientifiques et les agences de financement, et donc vos dons ou vos impôts, qui, in fine, en payent le prix. Les frais de publication (peer-review, édition, publication papier ou internet) sont aussi à la charge des auteurs et jusqu’à récemment il fallait aussi payer pour avoir accès aux articles publiés (double peine).

Ce processus complexe et assez lent régulant la publication scientifique est un des garants du système mais il a été régulièrement remis en question; anonymat des reviewers, manque de transparence des décisions éditoriales, articles non accessibles à la communauté scientifique pendant le processus de soumission/révision, frais de publication et cout de l’accès aux articles, etc… Parmi les réponses qui ont été apportées deux sont intéressantes dans le contexte de ces publications récentes sur Homo naledi.

Pour rendre les travaux accessibles à l’ensemble de la communauté scientifique – pas seulement aux éditeurs des journaux et aux reviewers- des bases de dépôts de « preprints » – versions préliminaires des articles déposés par les auteurs et accessible gratuitement à tout le monde – ont été mises en place. Les auteurs peuvent y « publier » leur travail, en général juste avant ou en même temps qu’ils le soumettent à une revue scientifique. La base de dépot la plus utilisée en Biologie est bioRxiv qui est hébergée par le Cold Spring Harbor Laboratory et financée depuis 2017 par la fondation de Chan Zuckerberg ce qui permet de garantir la gratuité de ce service. Ces publications correspondent donc à des travaux qui n’ont pas été expertisés par d’autres scientifiques du domaine. On les appelle donc « preprints » pour les différencier des « articles » validés par peer-review et publiés dans des revues scientifiques. Comme les articles, les preprints sont depuis cette année accessibles dans PubMed, la base de donnée d’articles scientifiques la plus complète et la plus utilisée en biologie et en médecine.

Des journaux scientifiques ont aussi essayé de changer le modèle de publication sous l’impulsion d’appels de la communauté scientifique à le faire évoluer. Les journaux PLOS (public library of science) ont été parmi les premiers en Biologie à défendre un modèle d’accès gratuits aux articles qu’ils publient (open access). Ce modèle s’est maintenant généralisé mais cette gratuité d’accès à un cout qui se traduit par les frais de publication plus élevés que doivent assumer les auteurs… D’autres ont voulu bouleverser le processus de peer-review. C’est le cas de la revue Elife dans laquelle Lee Berger a publié la plupart de ses travaux sur naledi. Ce journal en open access a été créé à l’initiative de plusieurs organisations scientifiques et est dirigée depuis sa création par R. Shekman, prix Nobel en médecine/physiologie. Il avait fait preuve d’innovation en demandant aux reviewers de se consulter sur leurs avis avant qu’ils soient communiqués aux auteurs, en publiant ces avis avec l’article et en exigeant que les manuscrits soumis soient déposés sur une plateforme de preprints avant d’être évalués. Depuis janvier 2023, Elife a apporté un nouveau changement dans son processus de publication qui a été largement commenté dans le milieu scientifique puisque tous les articles que le journal a jugé aptes à être évalués sont publiés avec les avis des reviewers – Elife les appelle « reviewed preprints » – mêmes si ces avis sont négatifs et que ces travaux auraient mérité une révision importante voir un refus dans le système classique. A chacun de se faire une idée de la qualité du travail en lisant ces « reviewed preprints », les critiques des reviewers, et la réponse des auteurs et la version modifiée du manuscrit… C’est sur ce point important que revient un éditorial publié dans la prestigieuse revue Nature sur « l’affaire » naledi.

Lee Berger et ses collaborateurs ont soumis leurs deux articles à Elife qui les a considéré positivement pour peer-review. Les reviewers de ces articles ont émis des critiques importantes sur ces travaux qui ne semblent pas soutenir les conclusions faites par les auteurs. Mais entre-temps, la machine médiatique avait déjà été lancée par Lee Berger s’appuyant sur les preprints postés sur bioRxiv début juin, bien avant la publication dans Elife mi-juillet. L’info sensationnelle de la découverte de la plus ancienne sépulture a été relayée par de nombreux médias dans le monde entier, pour beaucoup sans nuancer le message par l’emploi du conditionnel, ou en mentionnant les doutes de nombreux paléoanthropologues pour d’autres (voir articles dans le Monde et Science). Mi-juillet, Netflix a même diffusé un documentaire « qui suit le paléoanthropologue Lee Berger alors qu’il enquête avec son équipe sur le plus vieux cimetière du monde, qui n’est pas humain »…

Cette nouvelle histoire de médiatisation tout azimut de travaux avant leur validation par la communauté scientifique n’est ni la première ni la dernière. Celle-ci au moins, contrairement à celles sorties pendant la pandémie de COVID, ne provoquera pas la mort de milliers d’individus bernés par des annonces de « découvertes » de remèdes miracles et/ou convaincus de l’urgence de ne pas se faire vacciner. Ce qu’il faut rappeler encore une fois c’est que les « preprints » ne sont pas des « articles » qui eux ont été expertisés. Les preprints permettent à la communauté scientifique d’avoir accès rapidement à une information qu’ils savent eux a priori prendre avec recul. La plupart des médias généralistes doivent encore apprendre à nuancer leurs propos et employer le conditionnel quand ils citent ces travaux. En ce qui concerne le nouveau modèle de publication instauré par Elife, il semble qu’il n‘a pas contribué à l’emballement médiatique sur les capacités symboliques de naledi qui avait été lancé avant que les reviewers fassent leur travail. Les scientifiques et leurs institutions attendent généralement que leur article soit publié par une revue avant de communiquer auprès du public.

Les articles de Berger et de ces collaborateurs ont donc été publiés par Elife avec les avis (tous négatifs) des experts et un avertissement en en-tête indiquant clairement les doutes émis sur ces travaux « Dans l’état actuel des choses, l’étude est incomplète et les preuves présentées ne soutiennent pas les affirmations… ». On peut alors se demander quel est l’intérêt pour Elife de publier des articles tout en indiquant que leurs conclusions ne sont pas fondées? Pour les éditeurs de ce journal « en produisant et en diffusant des revues publiques utiles, nous redonnons de l’autonomie aux auteurs et définissons un changement de rôle pour les éditeurs. » Ils se positionnent donc comme nouveau système de publication de preprints expertisés ce qui devrait d’après eux permettre l’accès plus rapide à l’information scientifique. On peut aussi se demander ce qu’y gagne la science en général? Un ami scientifique m’a fait une remarque assez juste à propos des revues scientifiques dites prédatrices qui prolifèrent depuis quelques années, se faisant de l’argent en publiant des articles plus ou moins bidons avec de gros doutes sur leurs processus de peer-review: ne vaut-il pas mieux un système comme celui d’Elife où un « mauvais » article est publié avec des critiques sérieuses rendues publiques? Mais qu’en est-il pour les non scientifiques? Est-ce que ces publications avec les critiques fera revenir la majorité des médias grand public sur leurs annonces sensationnelles? Netflix va-t-il produire un documentaire contre-enquête sur les affirmations infondées de Lee Berger? Qu’est ce qu’il restera in fine de cette histoire dans la mémoire du grand public et des amateurs de paléoanthropologie? N’y a t il pas un risque qu’une publication même avec de fortes réserves affichées soit considérée comme une publication valide par des gens n’allant lire que le titre ou le résumé ou trouvant un intérêt personnel à soutenir le message soutenu par les auteurs?

Pour en revenir à Homo naledi, au final, est-il l’auteur des plus anciennes gravures et des plus anciennes tombes jamais réalisées par un hominine? Les commentaires des reviewers unanimes indiquent que les données présentées par les auteurs ne permettent pas de conclure sur ces deux points… Pour les démontrer les auteurs devront revoir leurs copies et vraisemblablement redescendre dans les profondeurs de la grotte de l’étoile montante pour en rapporter des éléments plus convaincants… quoi qu’ils y trouvent, cela permettra au moins à Lee Berger de poursuivre son régime drastique qui lui a permis de perdre 20 kilos et de pouvoir glisser sa grande carcasse dans les boyaux étroits protégeant l’accès aux restes de ce mystérieux hominine.

Réplique d’un crâne d’Homo naledi (Gulshan Khan/AFP)

Postscriptum:

Quelles sont les éléments nécessaires pour pouvoir affirmer que naledi avait bien enterré ses morts dans le fond d’une grotte et en avait gravé les parois?
Pour pouvoir parler de sépulture il faut apporter des éléments qui permettent de démontrer « l’intentionnalité du geste funéraire et donc distinguer l’inhumation et la protection volontaire d’un défunt, du corps tombé là et enseveli par hasard. » (voir site du MNHN). Sans preuve d’intentionnalité – creusement du sol dépôt d’ocre ou de mobilier, aménagement avec des pierres ou des ossements d’animaux- rien ne permet d’éliminer l’hypothèse la plus simple, qu’il faut toujours privilégier a priori en science, qui serait que les squelettes de naledi découverts dans le fond de ce réseau complexe de boyaux difficiles d’accès aient appartenu à des individus qu’y s’y seraient perdus ou qu’y y auraient été apportés par des prédateurs. La première hypothèse permettrait d’expliquer la découverte de squelettes quasi complets en connexion anatomique (tous les os en place) ce qui n’est pas ou rarement le cas en cas de prédation. On peut donc très bien imaginer qu’un pauvre naledi se soit perdu dans cette grotte, progressant dans l’obscurité, pour finalement y mourir de soif et de fin au fin fond d’un boyau inaccessible tout en le protégeant de prédateurs éventuels. Pour rappel (Né0#17), les plus anciennes sépultures connues sont l’œuvre de sapiens et de Neandertal. Elles ont été retrouvées dans des grottes au Moyen-Orient et datent d’au moins 100 000 ans pour les plus anciennes.
Pour les gravures, sans leur datation il est impossible de les attribuer à naledi. Elles auraient tout aussi bien pu être réalisées bien plus tard par des sapiens qui eux ont fait preuve d’activités artistiques mais bien plus tard. La maîtrise du feu semble de plus indispensable pour se rendre dans ces profondeurs, y graver quelques lignes et surtout en ressortir… Une autre possibilité serait que ces « gravures » n’aient pas été faites de façon intentionnelle par des humains – naledi? ou sapiens- mais par un animal. En Europe, les grottes fréquentées et/ou décorées par les paléolithiques ont souvent été aussi occupées par des ours qui griffaient régulièrement les parois de leur tanière. Là aussi pour rappel, l’art pariétal est encore largement attribué à sapiens – un peu à Neandertal mais de façon anecdotique et beaucoup moins consensuelle – qui a commencé à s’adonner à cette activité il y a au moins 40 000 ans avec comme sommet artistique le paléolithique supérieur et ses chef d’œuvres du sud-ouest de la France et du nord de l’Espagne (PALéO#10).

Merci à Thierry pour nos discussions et sa relecture.

Références:

https://www.lemonde.fr/sciences/article/2017/05/14/homo-naledi-un-cousin-sud-africain-pas-si-age_5127559_1650684.html