J’ai déjà abordé en détail ce que sont les introgressions dans ma chronique#2.12 que je vous invite à (re)lire pour plus d’explications. Pour faire court, elles correspondent à des fragments d’ADN présents dans le génome d’une « espèce » provenant d’une autre, preuve d’une hybridation qu’on peut quantifier et dater par différentes techniques d’analyses génétiques. Des articles publiés récemment dans Science (voir références) rapportent des éléments nouveaux sur les échanges entre Neanderthal et Denisova et sur ceux qui ont eu lieu entre Neanderthal et nos ancêtres directs, les humains anatomiquement modernes (Moderne).
Pour ce qui nous concerne, tous les humains actuels hors Afrique subsaharienne ont 1 à 2 % de leur patrimoine génétique hérité de Neanderthal, preuve de nos échanges anciens avec nos cousins dits « archaïques » disparus il y a à peu près 40 000 ans. Des échanges oui, mais quand et combien de fois?
Même si des études précédentes avaient indiqué qu’ils avaient été multiples et remontaient à plus de 200 000 ans pour les plus anciens, la mise au point d’une nouvelle méthode d’analyse à permis de déterminer qu’il existe dans le génome des néandertaliens des traces de deux vagues d’échanges avec Moderne remontant à environ -200 et -120 000 ans. Une autre étude, elle, indique que, de notre côté, l’ADN que nous avons hérité de Neanderthal provient d’échanges qui se sont produits majoritairement il y a 47 000 ans sur une période de 6 000 ans, ce qui correspond à la période pendant laquelle Moderne, implanté au Moyen-orient depuis plusieurs milliers d’années, s’est lancé massivement à la conquête du continent européen et de l’Asie. Si vous avez bien suivi, ces données posent une nouvelle fois la question de comment se fait-il que si la plupart des échanges dont on retrouve la trace chez nous ont eu lieu il y a 46 000 ans on n’en retrouve aucune preuve chez Neanderthal chez qui les introgressions Moderne sont beaucoup plus anciennes? Si le mystère de ces introgressions unidirectionnelles vous intéresse, je vous renvoie à ma chronique#2.12 sur ce sujet!
Je reviendrai dans une prochaine BRèVE sur ce qu’on a appris récemment sur Denisova et les échanges entre ce dernier et Moderne en route vers l’Océanie (voir aussi chronique#2.5). Pour ce qui concerne les hybridations entre Denisova et Neanderthal, on en savait déjà beaucoup sur leur histoire commune, principalement grâce aux trésors découverts dans la grotte qui lui a donné son nom, véritable tour de Babel préhistorique dans laquelle ces deux espèces se sont succédées et rencontrées sur plusieurs centaines de milliers d’années avant l’arrivée de Moderne il y a 40 000 ans. C’est dans cette grotte sibérienne que Denisova a été identifié sur la base du séquençage d’un minuscule morceau de phalange. Grâce aux conditions exceptionnelles liées aux températures basses qui y règnent toute l’année, les génomes s’y sont extrêmement bien conservés aussi bien dans les ossements que dans le sol, ce qui a permis de retracer son occupation sur plus de 250 000 ans et d’identifier plusieurs individus de cette espèce. Le plus fascinant est l’identification d’un individu hybride, une jeune fille née d’un père dénisovien et d’une mère néandertalienne, ce qui n’a jamais pu être découvert pour Moderne et Neandertal, le graal pour beaucoup de paléoanthropologues… Une nouvelle étude reposant sur un ossement retrouvé dans cette même grotte, pas encore publiée à l’heure où j’écris ces lignes, mais présentée dans un congrès international, rapporte le séquençage du génome complet d’un individu mâle dénisovien datant de 200 000 ans, un record désormais à battre pour un génome humain! En plus de nous en apprendre un peu plus sur le patrimoine génétique de Denisova, cet individu présentait 5% d’introgressions issues d’une population ancienne de Neanderthal qui n’avait jamais été identifiée auparavant, preuve d’échanges bien plus anciens encore que ceux qui avaient été identifiés jusque là. Ces données continuent d’écrire l’incroyable histoire de l’occupation de cette grotte, sur les origines des humains qu’elle a abrités et sur les rencontres qui s’y sont produites, rencontres, là et ailleurs, qui ont fait de nous ce que nous sommes mais qui ont sans doute aussi contribuées à la disparition de nos cousins « archaïques » et à ce que nous soyons aujourd’hui les seuls et derniers représentants de l’espèce humaine.
Recurrent gene flow between Neanderthals and modern humans over the past 200,000 years | Science
https://www.science.org/content/article/neanderthals-and-modern-humans-made-babies-47-000-years-ago
The most ancient human genome yet has been sequenced—and it’s a Denisovan’s | Science | AAAS
Chroniques de la préhistoire 
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